Ο γνωστός χρονογράφος και θαρραλέος ομολογητής γεννήθηκε το 760 μ.Χ. Τον πατέρα του τον έλεγαν Ισαάκ και τη μητέρα του Θεοδότη. Σε ηλικία οκτώ ετών έμεινε ορφανός από πατέρα, αλλά η μητέρα του κατόρθωσε να τον μορφώσει. Από πολύ νεαρή ηλικία ποθούσε να αφιερωθεί στον μοναστικό βίο, αλλά η μητέρα του τον πίεσε να παντρευτεί κάποια ενάρετη νέα, τη Μεγαλώ, την μετέπειτα μοναχή με το όνομα Ειρήνη. Μετά τους γάμους τους και αφού αποκάλυψαν την πίστη τους ο ένας στον άλλο, αποφάσισαν να διανείμουν την περιουσία τους και να στρατευτούν στην υπηρεσία του Κυρίου. Αποσύρθηκαν και οι δύο σε μοναστήρια, η μεν σύζυγος στη γυναικεία Μονή της νήσου Πρίγκηπος και ο όσιος Θεοφάνης σε ένα μοναστήρι κοντά στο βουνό της Συγριανής, το Πολίχνιο, αφιερωμένοι ολοκληρωτικά στο θείο έργο. Από τη μονή αυτή προσκλήθηκε μαζί με άλλους ηγουμένους στη Ζ’ Οικουμενική Σύνοδο στη Νίκαια, όπου και διέπρεψε. Όταν επέστρεψε, εγκατέστησε ηγούμενο τον μοναχό Στρατήγιο και αποχώρησε στην απέναντι νήσο Κολώνυμο. Εκεί, ίδρυσε νέα μονή και επί έξι χρόνια καλλιγραφούσε και συνέγραφε. Η υγεία του, όμως, προσβλήθηκε από οξεία λιθίαση. Όταν ο αλαζόνας αυτοκράτορας Λέων ο Ε’ πληροφορήθηκε το έργο του Οσίου, τον έριξε σε σκοτεινό οίκημα για δύο χρόνια και στη συνέχεια τον εξόρισε στη Σαμοθράκη όπου μετά από 23 ημέρες πέθανε (815 μ.Χ.). Αφού υπέστη φοβερές κακουχίες, ο όσιος Θεοφάνης εξεδήμησε ειρηνικά προς Κύριον. Αργότερα οι μαθητές του μετέφεραν τα λείψανά του στη Μονή του.