Καταγόταν από τη Σεβάστεια της Καππαδοκίας και έζησε την εποχή του Διοκλητιανού. Η μόρφωσή του, η θερμή πίστη του καθώς και η γενναία φιλανθρωπική του δράση, τον ανέδειξαν επίσκοπο Πηδαχθόης. Σαν επίσκοπος ήταν αληθινό πνευματικό λυχνάρι για το ποίμνιό του. Από τη θέση αυτή καθοδήγησε με σπάνια αφοσίωση και στοργή το ποίμνιό του. Μάλιστα τόσο πολύ ήθελε να συνεχιστεί το έργο του Ευαγγελίου, ώστε με ιδιαίτερη φροντίδα κατάρτισε ικανότατους βοηθούς του. Την περίοδο των μεγάλων διωγμών συνελήφθη μαζί με δέκα μαθητές του και οδηγήθηκε στον ηγεμόνα Φιλόμαρχο. Εκείνος τους πίεζε με απειλές να αλλαξοπιστήσουν, αλλά απέτυχε στη προσπάθειά του, καθώς οι άγιοι άνδρες συνέχισαν με παρρησία να ομολογούν την αλήθεια. Τότε τους υπέβαλλε σε φρικτά βασανιστήρια και στη συνέχεια τους αποκεφάλισε.

Αξίζει να αναφέρουμε ότι στον Αθηνογένη οφείλουμε τον γνωστό κατανυκτικό ύμνο «Φως ιλαρόν, Αγίας δόξης, αθανάτου Πατρός, ουρανίου, Αγίου, μάκαρος, Ιησού Χριστέ, ελθόντες επί την ηλίου δύσιν, ιδόντες φως εσπερινόν, υμνούμεν Πατέρα, Υιόν και Άγιον Πνεύμα, Θεόν. Άξιόν σε εν πάσι καιροίς υμνείσθε φωναίς αισίαις, Υιέ Θεού, ζωήν ο διδούς. Διό ο κόσμος σε δοξάζει». Αυτό σημαίνει: «Ιησού Χριστέ, Συ που είσαι το χαρούμενο φως του αθανάτου, ουρανίου, Αγίου και μακαρίου Πατέρα, αφού φτάσαμε στη δύση του ηλίου και είδαμε το εσπερινό φως, υμνούμε τον Πατέρα, τον Υιό και το Άγιο Πνεύμα, δηλαδή τον Τριαδικό Θεό. Είναι άξιο να Σε υμνούμε σε κάθε ώρα με μελωδικές φωνές, Υιέ του Θεού, Εσύ που δίνεις τη ζωή. Γι’ αυτό ο κόσμος Σε δοξάζει».