Ήταν πρεσβύτερος στην Κωνσταντινούπολη και σκευοφύλακας του ναού της Αγίας Σοφίας. Διαδέχθηκε τον, επίσης, άγιο αρχιεπίσκοπο Κωνσταντινουπόλεως Πρόκλο κατά το 447 μ.Χ. Ως αρχιεπίσκοπος, ο Φλαβιανός καταδίκασε με τοπική Σύνοδο, που έγινε το 448 μ.Χ., την πλάνη του Ευτυχούς, που έλεγε ότι ο Χριστός είχε μόνο θεία φύση. Αλλά ο Ευτυχής, με την υποστήριξη της πολιτικής εξουσίας και του πατριάρχη Αλεξανδρείας Διοσκόρου, κατάφερε να συγκροτηθεί τον Αύγουστο του 449 μ.Χ. στην Έφεσο Σύνοδος, η λεγομένη «ληστρική». Κατά τη Σύνοδο αυτή κάποιοι εισέβαλαν και κακοποίησαν βαριά τον Φλαβιανό, ο οποίος μετά από τρεις ημέρες πέθανε από τις πληγές που του προκάλεσαν οι φονείς του. Αλλά μετά από δύο χρόνια, το 451 μ.Χ., στη Δ’ Οικουμενική Σύνοδο, η αίρεση καταδικάστηκε, ο Ευτυχής αναθεματίστηκε και ο Διόσκορος καθαιρέθηκε. Το λείψανο του Αγίου μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη, στον ναό των Αγίων Αποστόλων.