Υπήρξε επίσκοπος Κυζίκου από το 787 έως το 815 μ.Χ., αφού διαδέχθηκε στον επισκοπικό θρόνο τον Νικόλαο. Έδρασε την εποχή που αυτοκράτορας ήταν ο εικονομάχος Λέων ο Ε’. Ο Αιμιλιανός υπηρέτησε με όλες του τις δυνάμεις την ορθή πίστη και αγωνίστηκε για την αποκατάσταση των αγίων εικόνων, παρακινώντας μάλιστα και άλλους χριστιανούς να μιμηθούν τη δράση του. Για τον λόγο αυτό, ο Αιμιλιανός υπέστη πολλές θλίψεις, καθώς διώχθηκε σκληρά από τον ασεβή αυτοκράτορα, ο οποίος τελικά εξόρισε τον Άγιο. Στον τόπο της εξορίας του ο Αιμιλιανός υπέφερε πολλές κακοπάθειες και θλίψεις και τελικά παρέδωσε το πνεύμα του στον Κύριο, αφού είχε επιτελέσει στο ακέραιο το θρησκευτικό του καθήκον. Τον Κανόνα της Ακολουθίας του Αγίου συνέθεσε ο όσιος Θεοφάνης ο Γραπτός.