Ο άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος, ως ευσεβής και ενάρετος χριστιανός που ήταν, δεν ανεχόταν τις άνομες και ανόσιες πράξεις και στηλίτευε τα έργα των ασεβών και των αδικούντων. Ο άμεμπτος βίος και οι αρετές του Ιωάννη προκάλεσαν τον φθόνο κάποιων επισκόπων, ενώ η δίκαιη κριτική του εξόργισε τη βασίλισσα Ευδοξία, γυναίκα φίλαρχη, άδικη και αρπακτική, που κατέτρεχε τους φτωχούς. Η βασίλισσα εξόρισε τον Άγιο τρεις φορές. Κατά τη διάρκεια της τρίτης εξορίας ο Ιωάννης παρέδωσε το πνεύμα του, αφού πρώτα βασανίστηκε άγρια στο χωριό Πιτιούντα. Το λείψανό του ενταφιάστηκε στα Κόμανα του Πόντου, όπου έμεινε για τριάντα χρόνια. Το 434 μ.Χ. έγινε πατριάρχης ο μαθητής του Χρυσοστόμου, Πρόκλος, ο οποίος τέσσερα χρόνια μετά παρακάλεσε τον βασιλιά Θεοδόσιο να προβεί σε ενέργειες, ώστε το άγιο λείψανο του Ιωάννη να έρθει στην Κωνσταντινούπολη. Πράγματι, ο Θεοδόσιος έστειλε ανθρώπους στα Κόμανα, οι οποίοι έλαβαν τη λάρνακα με το λείψανο του Αγίου Πατέρα και το μετέφεραν με λαμπρή τελετή στην Κωνσταντινούπολη. Η λάρνακα τοποθετήθηκε στον ναό των αγίων Αποστόλων μέσα στο Άγιο Βήμα και κάτω από την Αγία Τράπεζα.
Η μνήμη του τιμάται στις 13 Νοεμβρίου.